Ursprünglich gehörte Lustenau zur Pfarre Berneck in der heutigen Schweiz und wurde im Laufe des frühen Mittelalters eine eigenständige Pfarre. Bis zum Anfang des 16. Jahrhunderts gehörten auch Widnau-Au und Hohenems-Ebnit zum Lustenauer Pfarrsprengel. Bis zum Jahr 1819 unterstand die Pfarre dem Bistum Konstanz.

1672 wurde mit dem Bau der ersten Kirche am heutigen Platz begonnen. Sie lag noch inmitten von Ackerflächen. Mehrere Vorgängerbauten, deren konkrete Standorte sich heute nicht mehr mit Sicherheit bestimmen lassen, wurden durch Rheinüberflutungen zerstört.

Im Jahr 1830 erfolgte der Neubau der Kirche am heutigen Standort, da die alte Kirche den Platzanfordernissen der damals schnell wachsenden Lustenauer Bevölkerung nicht mehr entsprach. Diese nach Plänen von Alois Negrelli errichtete dreischiffige Kirche wurde Mitte der 1870er-Jahre zu einer geräumigen Hallenkirche mit flacher Decke umgebaut.

Während der 1950er-Jahre wurde der Kirchenkörper im Zuge einer umfassenden Renovierung und Umgestaltung nochmals vergrößert. Das 1907 errichtete Kirchenportal musste dabei einem neu hinzugebauten Windfang weichen. Auch der Kirchturm erhielt damals seine heutige Form. Anfang der 1990er-Jahre wurde die Kirche erneut renoviert und in die heutige Form gebracht. Der Friedhof mit vielen historischen Grabmälern und seiner Arkadenanlage steht ebenso wie die Kirche selbst unter Denkmalschutz.

Mit der Erlöserkirche im Rheindorf (geweiht 1939) und der Guthirtenkirche im Hasenfeld (geweiht 1979) entstanden im 20. Jahrhundert zwei weitere Kirchen.