Die über 1100-jährige Geschichte Lustenaus ist eng mit den Launen des Rheins verbunden. Große und kleinere Rheinüberschwemmungen sorgten immer wieder für große Schäden. In den Jahren 1206 und 1548 wurde sogar die Kirche, die damals noch in der Parzelle Weiler, also zwischen Kirch- und Tavernhofstraße stand, von den Fluten zerstört. Erst um 1650 wurde die erste Kirche am Standort gebaut. Die Kirche stand aber – wie auch die etwa zur gleichen Zeit erbaute Loretokapelle – inmitten von Feldern. Deshalb wird die Parzelle südlich der Kirche, wo die Kaiser-Franz-Josef-Straße verläuft, von älteren Leuten noch heute Oberfeld genannt. Über die frühen Überschwemmungen gibt es nur spärliche Hinweise, bei den letzten Ereignissen der Jahre 1888 und 1890 ist dies anders: Sie wurden von Beno Vetter und Adolf Bösch sehr gut dokumentiert. 1890 brach der Damm gar zweimal innerhalb eines Monats.

Bis zur Hofteilung 1593 erstreckte sich der Reichshof Lustenau beiderseits des Rheins. Auch Schmitter, Widnau und Haslach (Au) unterstanden damals den Lustenauer Ammännern und den Emser Grafen. Die heutigen Schweizer Rieder sind jene Gründe, die nach der Hofteilung im Besitz der Bauern jenseits des Rheins blieben. Die Verbindung über den Rhein wurde mittels Fähren gewährleistet. Auf Höhe des heutigen Restaurants K&K war das Unterfahr oder Monsteiner Fahr. Das Oberfahr befand sich auf Höhe der Autowaschanlage an der Reichsstraße. Die 1878 erbaute Oberfahrbrücke wurde dort errichtet. Bereits zuvor erfolgte der Bau der Unterfahrbrücke im Jahr 1867.

Nach dem Abschluss des Staatsvertrages über die Rheinregulierung 1892 atmete ganz Lustenau auf. Die letzte Schrecksekunde bescherte der Alpenrhein bei Fertigstellung des Fußacher Durchstichs im Jahr 1900. Die zwei Flussbetten waren nur durch eine Steinwand getrennt, die bei einem Festakt gesprengt werden sollte. Allerdings erledigte dies der Rhein ein paar Tage zuvor. Einige Male wurden seit damals zwar die Vorländer überflutet, zuletzt 2016, das Siedlungsgebiet war aber nie gefährdet.

Der wirtschaftliche Aufschwung Lustenaus setzte erst nach der Rheinregulierung richtig ein. Der erste Stickereiboom war zwar schon in den 1870er-Jahren, aber erst die Rheinregulierung und die Erfindung der Schiffli-Stickmaschine in den 1890er-Jahren bewirkten dann einen nachhaltigen Wachstumsschub. Vor 1890 waren die Lustenauer Sticker von St. Galler Fabrikanten abhängig, danach begannen sie, auch eigene Ware zu produzieren und mit Erfolg zu verkaufen. Dieser Aufschwung ließ auch die Zahl der Häuser und Einwohner wachsen: 1890 wohnten noch 5.054 Menschen in Lustenau, 1900 schon 6.221, also 23 Prozent mehr. Zwischen 1900 und 1910 betrug die Steigerung sogar 34 Prozent. 1949 wurde die 10.000-Einwohner:innenmarke geknackt, 2003 wurden die 20.000 vollgemacht.

Die Dämme am Rhein auf Lustenauer Gebiet halten einem 100-jährlichen Hochwasser stand. Nach „Rhesi“ sollen die Dämme ein 300-jährliches Hochwasser aushalten, also eine Durchflussmenge von 4.300 m³/s sicher bewältigen. Ein Teil des Vorlands wird abgetragen, das Mittelgerinne aufgeweitet und die alten Dämme saniert oder erneuert. Im Zuge dieser Arbeiten sollen die Lustenauer Trinkwasserbrunnen vom Wasserwerk flussaufwärts auf Höhe Blumenau verlegt werden. Die Umsetzung des Projektes hängt noch von der Unterfertigung des Staatsvertrages ab. Die Arbeiten sollen aber noch vor Baubeginn von Rhesi abgeschlossen sein.